В 1592 новый правитель Японии Хидэёси осуществил масштабное вторжение в Корею, надеясь закрепиться на континенте. Лучше оснащенная японская армия быстро сломила сопротивление корейских войск и менее чем за три недели дошла до Сеула. Далее она двинулась на Пхеньян, где перегруппировала силы. За это время чосонский монарх запросил поддержку у китайского императора династии Мин и поднял население. Корейский флотоводец Ли Сунсин на своем знаменитом «корабле-черепахе», первом в мире броненосце, разбил японцев на море.
Вскоре прибыла минская армия, и японские вооруженные отряды были постепенно оттеснены на крайний юг. Настало затишье в боевых действиях, прерванное вторым наступлением японцев в 1597. На этот раз японские войска не сумели достичь Сеула, их линии снабжения были вновь перерезаны Ли Сунсином.
Неудачная политика династии Ли была отягощена бедствиями, которые принесла корейско-японская война. К ее последствиям добавились нашествия маньчжуров в 1627 и 1636. В результате правители династии Ли были вынуждены отказаться от своих связей с империей Мин и искать покровительства у маньчжурской династии Цин (1644–1911).
По окончании войны с Японией внутридворцовые распри стали еще более ожесточенными, на протяжении столетия перевороты сменялись контрпереворотами. Наконец, одна из придворных партий – «партия стариков» одержала нелегкую победу над своими соперниками, «партией молодых», и захватила высшие посты.
В 18 в., во время долгого правления королей Ёнджо и Чонджо, удалось смягчить межфракционные раздоры и возникло движение за переустройство корейского общества, получившее название Сирхак, или «Сторонники реальных наук». Такие мыслители, как Пак Чега и Пак Чивон, предлагали запретить институт полицейского надзора, требовать от кандидатов на официальные должности знаний по истории и государственному устройству Кореи, предоставить право держать экзамены на должность выходцам из всех слоев общества, эксплуатировать природные богатства страны таким образом, чтобы способствовать развитию промышленности и внешней торговли. Чон Дасан выдвинул даже идею «деревенских коммун» с целью решения аграрных проблем.
Период правления Ёнджо и Чонджо ознаменовался общим подъемом культуры. Новая придворная библиотека (Кюджангак) способствовала созданию такого труда, как Тэджон тхонпхён (Полный свод законов). Были составлены антологии китайской и корейской поэзии. Возродился интерес к алфавиту хангыль, приобрела широкую популярность проза, например народное произведение Чхунхян чхон (Сказание о девушке Чхунхян) и роман Ким Манджуна Куун мон (Облачный сон девяти). В это время творил знаменитый художник Ким Хондо и др. Среди превосходных керамических изделий корейских мастеров особенно выделялся декоративный белый фарфор.
Сеул враждебно относился к планам налаживания торговых связей с Западом. Корейцы утверждали, что вполне могут обойтись без европейских товаров, и настаивали на том, что Чосон признает покровительство Китая и поэтому его внешние сношения являются прерогативой Пекина. Такой позиции придерживался и регент Тэвонгун, который принял на себя управление государством в 1864 и в течение 10 лет руководил Кореей от имени своего сына короля Коджона.
Осознав, что административная система нуждается в радикальном улучшении, Тэвонгун провел серию реформ. Большинство совонов были ликвидированы, поскольку считалось, что государственные должности должны заниматься чиновниками независимо от их политических пристрастий. Тэвонгун впервые ввел прямое налогообложение янбаней и укрепил вооруженные силы.
В 1873 Тэвонгуна вынудили отказаться от выполнения регентских обязанностей, и фактическая власть перешла к королеве Мин и ее родственникам. Последовал отказ от многих провозглашенных ранее реформ, однако новая программа действий так и не была разработана. Вместе с тем в 1876 был заключен первый договор с Японией, а в 1882 подписано торговое соглашение с США. Последовали договоры с ведущими европейскими державами. В конце 19 в. Корея стала главным объектом захватнических устремлений трех держав: Китая, Японии и России.
С 1882 по 1894 доминирующую роль продолжал играть Китай, войска которого заняли Сеул после мятежа в корейской армии в 1882. Молодые корейцы-реформаторы во главе с Ким Оккюном попытались совершить государственный переворот и тем самым побудили Пекин предоставить чрезвычайные полномочия своему военачальнику в Корее – Юань Шикаю.
Япония получила предлог для интервенции в Корею в 1894 благодаря восстанию Тонхак. Религиозная секта Тонхак («Восточное учение») еще в 1860-х годах начала бороться с чуждым «западным учением» католицизма. Опорой секты были угнетенные социальные слои, и поэтому власти сочли ее подрывной организацией и казнили ее основателя Чхве Джеу. В конце столетия движение стало катализатором мощного взрыва недовольства населения в южных провинциях.
Когда в ответ на призыв Сеула о помощи в Корею были направлены китайские войска, Япония развязала войну с Китаем и одержала быструю победу. Согласно Симоносекскому договору 1895, обе державы признали независимость Кореи, но Япония оставила за собой преимущественное право управления страной.