Географические познания русского путешественника не исчерпываются теми местами, где он лично побывал. Перечисляются пункты, достичь которых он не сумел бы. Расстояния до каждого из них указываются в днях пути (главным образом, пути морского). Идентифицировать их с современными названиями подчас бывает затруднительно. Многие топонимы в транслитерации Никитина переданы со слуха, и их написание сильно искажено, или сами географические объекты изменили, а то и просто сменили свои названия за прошедшие столетия. Так, Келекот – это современная Кулькутта, Силян – остров Цейлон (Шри-Ланка), Певгу – местность под названием Пегу в Индокитае. По мнению Никитина, плавание от Калькутты до Цейлона занимает пятнадцать дней, от Пегу до южного Китая – месяц. Интересно, что мысленно русский путешественник охватывает пространства вплоть до северного Китая, то есть почти до Дальнего Востока.
Далекие города и пристани оцениваются тверским купцом с точки зрения ценности тех товаров, которые там производят или продают. В Ормузе, например, есть всякий товар, вот только пошлина очень большая. Со всякой торговой операции взымается десятая часть. Камбей славится пестрядью, синей краской, сердоликом и солью. В других местах продают специи: перец, «зеньзебил» (имбирь), «мошкат» (мускат), «каланфур» (корица), гвоздика, «пряное коренье да адряк» (скорее всего, еще один вид имбиря). Все это стоит достаточно дешево. На Цейлоне добывают драгоценные камни и горный хрусталь. На китайском побережье делают и продают «чини» (судя по всему, фарфор). Особенно привлекают внимание русского купца жемчуг и драгоценные камни: алмазы, рубины, агаты. Сейчас трудно судить, насколько верны эти сведения о добыче и продаже драгоценных камней, ведь древнерусские легендарные произведения информировали своих читателей об Индии как стране сказочного богатства, а Афанасий Никитин, конечно, не мог видеть все своими глазами и в какой-то мере определенно находился под влиянием устойчивой традиции.
В древнерусской книжности не раз встречаются сведения о драгоценных камнях. Информация о самоцветах переведена в тексте Афанасия Никитина в практическое, торговое русло. Прежде в произведениях драгоценным камням придавалось символическое значение. Одним из наиболее древних текстов на эту тему было читаемое в Изборнике Святослава 1073 г. переводное сочинение Епифания Кипрского о двенадцати упоминаемых в Библии камнях. Таким образом, уже в XI в. пробудился интерес к драгоценным камням, которые не могли добываться на территории Киевской Руси. Наименования самоцветов древнерусский читатель обнаруживал и в другом переводном сочинении раннего периода – «Хронике Георгия Амартола». Сочинение Епифания повлияло на ряд рукописей, где также раскрывалась христианская символика камней (напр., «Толковая Палея»). Епифаний описывал сардиос, топазион, смарагдос, антракс, сапфейрос, иаспис, лигурион, ахатис, аметистос, хрисолитос, вириллион, онухион.
Не раз на протяжении долгих лет странствий Афанасию Никитину приходилось сталкиваться с недобрым к себе отношением. Однако эти трудности не ожесточили его. Уже на южном побережье Черного моря (третьего моря хожения) в городе Трабзон местный паша задержал путешественника и подверг его обыску и дознанию. Афанасий шел со стороны владений Узун Хасан-бека, противника трабзонского паши, и был принят за шпиона. Конечно, русский купец не выполнял никаких разведывательных миссий. В то же время его записки содержат в себе достаточно богатый материал военно-статистического характера. Для султанов и ханов Причерноморья, как и для русских князей, подобная информация о численности войск и характере вооружения армий индийских владетелей не имела практического значения. Слишком уж далекими были территории, где сделал свои наблюдения тверской купец. И все-таки сведения, собранные Афанасием Никитиным, позволяли, да и сейчас позволяют судить о военной мощи отдельных султанатов, геополитических устремлениях индийских князей, их военных успехах и неудачах в 70-е гг. XVв.