Сама ситуация предопределила и уникальный стилистически облик «Хожения». Его язык прост, насыщен разговорными интонациями. И хотя в произведении можно обнаружить некоторые присущие всем хождениям приемы описания далеких земель, здесь почти полностью отсутствуют церковнославянизмы. Сами предметы и явления, которые приходится описывать, чрезвычайно далеки от традиционных тем древнерусской книжности. Язык записок характеризует автора как искусного рассказчика, умеющего живо и наглядно передать в слове увиденное на чужбине.
Все это сформировало особый автобиографизм произведения. Современный читатель может судить о личности путешественника, человека наблюдательного и в тоже время не лишенного слабостей и сомнений. Афанасий делится своими переживаниями. Подчас повествование приобретает исповедальную тональность. Так, в беседе с одним мусульманином, по имени Мелик, склонявшим русича к принятию магометанства, странник услышал в свой адрес насмешку: «Истинну ты не бесерменин кажешися, а крестьяньства (то есть христианства) не знаешь». Саркастическое замечание иноверца заставило русского купца впасть в глубокие раздумья. Исстрадавшийся на чужбине «раб божий Афанасий» стал размышлять: «Горе мне, окаянному, яко от пути истинного заблудился и пути не знаю, уже камо поиду». С проникновенной молитвой он обращается к Господу, прося не оставить его своим заступничеством, указать добродетельный путь согрешившему и пребывающему в скорби. Подобные фрагменты хождения Н.С.Трубецкой называл «религиозно-лирическими отступлениями».
Значительное место, которое занимают в тексте «Хожения» слова и выражения, заимствованные из арабского, персидского и тюркского языков, связано не только с естественной потребностью сообщать о реалиях и явлениях, которые невозможно обозначить на родном языке. Ряд фрагментов и даже молитв содержат сведения, вероятно, воспринимавшиеся самим путешественником как деликатные или конфиденциальные. Обычно, как уже отмечалось, использование, прежде всего, тюркской лексики объясняют желанием автора скрыть от чужого глаза свои сокровенные мысли. Действительно, в одной из молитв содержится, помимо выражения любви к родине, констатация нестроений, имеющих место на Руси, упрек в адрес сильных мира сего: «А Русь тангрыд сакласын; олло сакла, худо сакла! Бу даниада муну кибить ерь ектуръ; нечикь Урус ери бегляри акой тугиль; Урус ерь абодан болсынъ; растъ кам даретъ. Олло, худо, бог, данъиры». Эти молитвенные обращения переводятся следующим образом: «А Русь Бог да сохранит! Боже сохрани ее! Господи храни ее! На этом свете нет страны, подобной ей, хотя эмиры Русской земли несправедливы. Да устроится Русская земля и да будет в ней справедливость! Боже, боже, боже, боже! (обращение к богу на четырех языках)». Крамольная мысль о русских правителях могла навлечь на создателя «Хожения» большие неприятности. Любопытно, что при последующих переписываниях текста эти суждения Афанасия сохранились. Вероятно, русские писцы не понимали, что переписывают. В противном случае столь смелые суждения средневекового писателя подверглись бы редакторской правке.
Б.А Успенский видит иные причины подобного языкового поведения автора «Хожения за три моря». Он справедливо отмечает, что «в древнерусской культуре пространство воспринималось в ценностных категориях: те или иные земли расценивались как чистые и нечистые, праведные и грешные». И если паломничество приобщало к святости, то оказаться в нечистой земле было для средневекового человека серьезным испытанием, порождавшим немалые религиозные сомнения. По мысли ученого, Афанасий совершил анти-паломничество, «грешное свое хожение». Поэтому «использование чужих языков – явно недоступных читателю – никак не может быть понято при этом, как простой стилистически прием…просто нечистое, нехристианское пространство предлагает и соответствующие способы выражения". Молитвы на «бусурманском» языке Б.А.Успенский считает доказательством того, что Никитин не желает кощунствовать в затруднительных для него конфессиональных обстоятельствах. Подобное антиповедение, по мысли исследователя, есть главное свидетельство того, что Афанасий не отступил от православия. Ведь автор «Хожения» демонстрирует удивительную для XV в. веротерпимость («а истинную веру Бог знает»). За годы пребывания на чужбине он настолько сжился с местными обычаями и религиозно-календарными представлениями, что сопоставляет мусульманские праздники с православной традицией: «На памть шиха Аладина, а на русскый на Покров Святыя Богородица»; «а по приметам гадаю Великъ день бывает християньскы первие бесерменьскаго баграма за девять дни или за десять дни».