Желание поправить дела с помощью посреднической торговли погнало Никитина дальше на юг. Через Дербент и Баку он попал в Персию, пересек ее от Чапакура на южном побережье Каспия до Ормуза на берегу Персидского залива и по Индийскому океану к 1471 году доплыл до Индии. Там он провел целых три года, посетив Бидар, Джункар, Чаул, Дабхол и другие города. Денег он не нажил, но обогатился неизгладимыми впечатлениями.
На обратном пути в 1474 Никитину довелось побывать на побережье Восточной Африки, в «земле Эфиопской», дойти до Трапезунда, затем оказаться в Аравии. Через Иран и Турцию он добрался до Черного моря. Прибыв в Кафу (Феодосия, Крым) в ноябре, Никитин не рискнул отправляться дальше в родную Тверь, решив дождаться весеннего купеческого каравана. Здоровье его было подорвано длительным путешествием. Возможно, в Индии он приобрел какое-то хроническое заболевание. В Каффе Афанасий Никитин, по-видимому, познакомился и близко сошелся с богатыми московскими «гостями» (купцами) Степаном Васильевым и Григорием Жуком. Когда их объединенный караван тронулся в путь (скорее всего, в марте 1475), в Крыму было тепло, но по мере продвижения на север погода становилась все холоднее. Подорванное здоровье А.Никитина дало о себе знать и он неожиданно скончался. Местом его захоронения условно считается Смоленск.»
Желая поведать другим то, что повидал сам, А.Никитин вел путевые записки, которым придал литературную форму и дал заглавие Хожение за три моря. Судя по ним, он внимательно изучал жизнь, быт и занятия народов Персии и Индии, обратил внимание на государственный строй, управление, религию (описал поклонения Будде в священном городе Парвате), рассказал об алмазных копях, торговле, вооружении, упомянул экзотических животных – змей и обезьян, таинственную птицу «гукук», якобы предвещавшую смерть и др. Его записки свидетельствуют о широте кругозора автора, дружественном отношении к чужим народам и нравам тех стран, где он побывал. Деловитый, энергичный купец и путешественник не только искал товары, нужные русской земле, но внимательно наблюдал и точно описывал быт и нравы.
Живо и интересно описал он и природу экзотической Индии. Однако как купец Никитин был разочарован результатами путешествия: «Меня обманули псы-басурмане: они говорили про множество товаров, но оказалось, что ничего нет для нашей земли . Дешевы перец и краска. Некоторые возят товар морем, иные же не платят за него пошлин, но нам они не дадут [ничего] провезти без пошлины. А пошлина большая, да и разбойников на море много». Скучавший по родной земле, чувствовавший себя неуютно в чужих краях, А.Никитин искренне призывал восхищаться «землею Русской»: «Русскую землю Бог да сохранит! На этом свете нет страны, подобной ей. И хотя вельможи русской земли не справедливы, пусть да устроится Русская земля и да будет в ней [достаточно] справедливости!» В отличие от ряда европейских путешественников того времени (Никола де Конти и др.), принявших на Востоке магометанство, Никитин до конца был верен христианству («не оставил веры своей на Руси»), все моральные оценки нравам и обычаям давал, опираясь на категории православной морали, оставаясь в то же время веротерпимым.
Хожение
А.Никитина свидетельствует о начитанности автора, владении им деловой русской речью и в то же время очень восприимчивого к чужим языкам. Он привел в своих записках много местных – персидских, арабских и тюркских – слов и выражений, дал им русское толкование.