В далеки е времена горный берег был берегом моря. Проходило время. Море начало отступать. Отступая, оно оставляло след – озера, из его заливов возникли современные реки Самара, Уса, Сызран. Было время, когда Жигули островом возвышались в море. От тех времен в горах сохранились отдельные виды растений (реликты). Палеозойские скальные породы Жигулевских и Сокольих (Сокских) гор всюду имеют вертикальные трещины – так называемый известняково-доломитовый карст. Им объясняется наличие в горах сотен пещер, воронок (провалившиеся пещеры), впадин. В некоторых из этих воронок образовались водоемы, озера. Овраги гор – вскрытые и удлиненные водой воронки благодаря растворимости доломитов, известняков, гипса.
В Жигулях – десятки крупных оврагов. Они глубоко прорезают горы, образуя долины, в которых разместились селенья, и уходят на 12-36 км (Яблоневый, Сухо-Брусянский, Аскульский, Ширяевский овраги).
Жигули – единственная горная цепь на Волге. Это уникальный природный комплекс гор, лесов и степей, в котором на небольшой территории уживаются растения различных географических зон России. Высоко в горах можно найти сосны, подобные тем, которые растут в больших хвойных лесах в северной России и Сибири. Совсем недалеко, на солнечных южных склонах гор можно найти травы, которые растут в степях южной России, например, ковыль. Жигулевские горы также являются местом обитания огромного количества животных и птиц. Если повезет, то рано утром сможет увидеть лося, диких кабанов, барсуков и рысь. Здесь водится огромное количество разных видов грызунов и одна из крупнейших в России популяций летучих мышей, которые живут в пещерах зимой. Птицы, змеи, насекомые и пауки также обитают в этом регионе и вносят свой вклад в богатую природу Жигулевских гор.
Начиная с 1927 года, часть территории Жигулевских гор специально охраняется законом в качестве заповедника.
Флора Жигулевского заповедника чрезвычайно разнообразна. Наиболее изучена флора сосудистых растений, однако их список нельзя считать исчерпывающим, поскольку ежегодно приходится вносить много уточнений. На современной территории заповедника к 1984 г. было достоверно зафиксировано 832 вида 90 семейств и 370 родов сосудистых растений, хотя 58 из этих видов последние 20 лет ни разу не были обнаружены. Наиболее разнообразны в заповеднике семейства сложноцветных (42 рода, 105 видов) и злаковых (31 род, 67 видов). Бобовых, гвоздичных, розоцветных и крестоцветных — от 38 до 47 видов. Половина семейств представлена 1—2 видами.
В научном и природоохранительном отношении наибольший интерес представляют виды, имеющие очень узкую область распространения (эндемики), произрастающие вне основного ареала, имеющие разорванный ареал или произрастающие на его границе (реликты), а также виды, редкие для флоры нашей страны в целом или для флоры крупного региона, в котором расположен заповедник. К числу «ценных» видов флоры заповедника следует также добавить те, которые имеют здесь «классическое» местонахождение, т. е. были впервые описаны и признаны наукой из сборов, сделанных на территории заповедника или его ближайших окрестностей. И наконец, к этой же довольно разнородной группе следует отнести виды, таксономическое положение которых до настоящего времени не получило всеобщего признания. Во флоре заповедника около сотни видов растений представляют особый интерес для флористики и систематики.
Особая достопримечательность флоры заповедника — узкие эндемики Жигулей, нигде в мире, кроме Жигулей, не встречающиеся. Все они, естественно, имеют в Жигулях, и в частности на территории заповедника, классические местонахождения. Это виды: молочай жигулевский, качим жигулевский, качим Юзепчука и разновидность солнцецвета скалоломного — солнцецвет жигулевский. Еще 22 вида растений признаются эндемиками различных более крупных регионов, включающих территорию заповедника. Так, довольно широко распространенный в Жигулях и на плато боярышник волжский в дикорастущем виде встречается только в узкой приволжской полосе в пределах Куйбышевской и Саратовской областей. Эндемичны для Приволжской возвышенности в целом астрагал Цингера, колокольчик волжский, лен украинский, пижма жестколистная, тонконог жестколистный.
В заповеднике 30 видов флоры признаются реликтами различных геологических эпох (Плак-сина, 1977). Среди них — третичные (плиоценовые) степные (гвоздика иглолистная, истод сибирский, клаусия солнцелюбивая, можжевельник казацкий, овсец пустынный, солнцецветы жигулевский и монетолистный, шаровница крапчатая) и лесные реликты (ветреница алтайская, володушка золотистая, короставник татарский, лазурник трехлопастный, медуница мягкая). Во флоре заповедника есть также реликты ледниковой эпохи — майник двухлистный и толокнянка обыкновенная. В этой группе характерны папоротники — голо-кучник Роберта, диплазий сибирский, костенец волосовидный. Группу более поздних реликтов ксеротермического периода представляют горец альпийский, козелец австрийский, копеечник Разумовского, терескен серый, эфедра двухколосковая. Науке стали известны 10 видов растений из сборов, сделанных в Жигулях. Кроме эндемичных среди них оказались и виды с широким ареалом: ковыль Лессинга, лядвенец жигулевский, овсяница волжская. Пять видов признаны редкими растениями флоры и внесены в Красную книгу простого перечисления видов, признанных редкими. Дело в том, что их численность и состояние популяций в заповеднике могут существенно отличаться от аналогичных показателей в крупных регионах. Значение заповедника в сохранении генофонда флоры наиболее существенно в тех случаях, когда виды, редкие в обширных регионах, в заповеднике многочисленны и успешно восстанавливаются. Так, Жигулевский заповедник очень важен для сохранения короставника татарского, молочая жигулевского, пыльцеголовника красного, тонконога жестколистного, шаровницы крапчатой и шиверекии подольской.