Третья экспедиция, 1498–1500.
К 1496 Фердинанд и Изабелла уже не надеялись получить скорую выгоду от предприятий Колумба. Стало ясно, что только время и тяжкий труд принесут доход от колоний. Невзирая на обвинения в отсутствии способностей к управлению, Колумбу удалось убедить монархов дать разрешение на третью экспедицию, используя нао и две каравеллы для обследования новых земель, а также еще три каравеллы для доставки на Эспаньолу продовольствия, 300 мужчин и 30 женщин для пополнения контингента колонистов.
Флотилия, вышедшая в мае 1498 из Испании, разделилась у о.Гомера на Канарском архипелаге. Три судна взяли прямой курс на Эспаньолу. Колумб на трех остальных судах отправился дальше к югу, дошел до о-вов Зеленого Мыса и затем 7 июля повернул на запад. Посетив о.Тринидад 31 июля, он отплыл на северо-запад к берегам Америки. Обнаружив обширную дельту реки (р.Ориноко в современной Венесуэле), Колумб понял, что там находится огромный массив суши. Ему казалось, что эти земли располагаются неподалеку от описанного в Библии Эдема.
После обследования побережья в районе дельты Ориноко Колумб отправился на Эспаньолу, где Бартоломе и Диего не могли навести порядок. Встревоженные отчетами Колумба, Фердинанд и Изабелла направили Франциско де Бобадилью расследовать дела в колонии и при необходимости предпринять экстраординарные меры. Быстро оценив ситуацию, он арестовал всех трех братьев Колумбов за неспособность навести порядок в колонии, конфисковал их деньги и, заковав в кандалы, в декабре 1500 отправил в Испанию. Сразу по возвращении Колумб был вызван ко двору в Гранаду. Выражая свои симпатии к Колумбу, монархи уверяли, что никогда не приказывали заковывать его в кандалы. Тем не менее вплоть до сентября 1501 они задерживали рассмотрение его заявлений о восстановлении в правах.
Фердинанд и Изабелла вернули Колумбу часть титулов и все имущество, но не оставили властных полномочий. Монархи также не давали разрешения на следующую экспедицию и стали создавать новую структуру управления колониями, назначив губернатором Эспаньолы Николаса де Овандо. Овандо отплыл в Карибский регион в феврале 1502 на 30 кораблях с большой группой поселенцев. Только в марте 1502 Фердинанд и Изабелла разрешили Колумбу возглавить новую трансатлантическую экспедицию.
Четвертая экспедиция, 1502–1504.
Флотилия Колумба состояла из четырех не очень хорошо подготовленных небольших каравелл, имевших посредственные экипажи. Колумб, которому исполнился 51 год, и его 13-летний сын Эрнандо отплыли на флагманском судне из Кадиса 11 мая 1502. Покинув 25 мая Канарские о-ва, они пересекли Атлантический океан и 15 июня достигли острова, который аборигены называли Матининьо, а Колумб переименовал в Мартинику. Проплыв через Антильский архипелаг, флот достиг Эспаньолы 29 июня, хотя Фердинанд и Изабелла запретили Колумбу там высаживаться. Колумб знал, что губернатор Овандо собирается отправить на родину большую флотилию. Заметив приближавшийся ураган, он предупредил Овандо о шторме и попросил разрешения войти в бухту Эспаньолы. Овандо осмеял опасения Колумба и приказал поднять паруса. Как и предсказывал Колумб, разразился шторм, и весь флот Овандо, за исключением одного корабля, затонул.
Покинув Эспаньолу, Колумб и его спутники предприняли дальнейшее путешествие, главным образом вдоль берегов Центральной Америки. Колумб все еще полагал, что находится в Азии, недалеко от р.Ганг. Индейцы гуаями, жившие на территории современной Панамы, торговали золотом с экспедицией Колумба, но яростно противодействовали попыткам европейцев основать поселение. В апреле 1503 гуаями заставили европейцев покинуть их земли. Во время отступления один корабль затонул, а три оставшихся с трудом держались на плаву. Колумб бросил в море еще одно судно, а затем отправился на Ямайку. Он возвратился в Испанию 7 ноября 1504.