Проблемы единства и взаимодействия естественных и общественных наук, диалектика единства и многообразия наук, вопросы их дифференциации оказались наиболее дискуссионными в географии. При этом камнем преткновения стала экономическая география и оценка её места в системе наук. Если география физическая всегда и всеми чётко помещалась в систему естественных наук (наук о природе и в более узкой трактовке наук о земле), то вопрос о месте экономической географии вызвал ожесточённые споры. Они тесно связаны с дискуссией, начавшейся ещё в 50-е гг., о "единстве" и "единой" географии, о соотношении физико-географической и экономико-географической наук, т.е. фактически о взаимосвязи и принципиальной возможности единства наук естественных и общественных. Предметом дискуссии была высказаны разные позиции. Первая дискуссионная позиция: общество - структурный элемент географической среды. Поэтому единство физической и экономической географии и необходимость единой географии доказывалось тем, что в географическую среду, являющуюся объектом исследования физической географии, входит и человеческое общество со всеми материальными результатами его деятельности, изучаемыми в территориальном аспекте экономической географии. Эта позиция не была в то время достаточно обоснована и доказана.
Во-первых, сами аргументы лишь подтверждали известное общее положение диалектического материализма о единстве окружающей нас объективной реальности, дающей обоснование для единства всего научного знания (всеобщей науки), но не конкретных наук.
Во-вторых, утверждение, что общество входит в географическую среду, вполне правильно лишь при оценке последовательности развития форм движения материи. Общество бесспорно, вторично. Оно результат развития природной среды и территориально входит в географическую среду. Но общество, возникнув, подчиняет целям своего развития свою предпосылку - природную среду, активно её использует и преобразует. Это такой элемент, такой объект географической (природной) среды, который сам использует её как объект своей деятельности. Вот на это обстоятельство, оцененное К. Марксом, которое даёт значительно больше оснований для единства географических наук, в то время не было обращено внимания.
Вторая дискуссионная позиция: общество и результаты человеческой деятельности не могут быть отнесены к географической (природной) среде, так как общество развивается по законам общественным, а географическая среда - по законам природы. Поэтому экономическая география, изучающая общественные закономерности, и физическая география, изучающая закономерности природы, - науки разные. Их взаимные связи не внутренне причинно обусловлены, а внешние, поверхностные. Поэтому рассматриваемые науки относятся к разным научным системам, соответственно: к общественной - экономическая география и к естественной - физическая.
В результате дискуссии, в которой победу одержала вторая точка зрения, географические науки официально (в решениях II съезда Всесоюзного географического общества СССР) признавались не только самостоятельными, но и относящимися к разным системам наук. Между ними незримо возник мощный искусственный барьер. Сторонники единства географии (Ю.Г. Саушкин) и единой географии (В.А. Анучин), интуитивно понимая необходимость активного взаимодействия единой системы географических наук, не смогли привести достаточно веских и последовательных аргументов для обоснования путей их интеграции.
В трудах современных философов и крупнейших советских учёных говориться о всё большем взаимопроникновении социальных, естественных и технических наук и их методов исследования. Всё это делает достаточно условными эти границы. "Развитие наук, - писал крупнейший советский учёный М.В. Келдыш, - вступает в такую фазу, когда взаимосвязи между ними, взаимопроникновение и взаимовлияние наук всё более усиливаются . Классическое разделение наук становиться в значительной мере условным . отрасли науки всё более переплетаются между собой".
Научные основы хозяйственного освоения новых территорий, вопросы эффективности формирования колоссальных производственных комплексов, бурная урбанизация и экологические проблемы, региональное природопользование - все эти задачи могут решаться только междисциплинарными науками, часто формально принадлежащими к разным системам.География, по современным взглядам, представляет собой междисциплинарную область знания, в которой происходит тесное взаимодействие естественных и общественных наук. Экономическая и социальная география входит в комплекс географических наук, имея с физической географией общие задачи в изучении и рациональном использовании территории и её ресурсов, общие подходы и одинаковый угол зрения, близкие методы (картографический, районирования). Эта позиция отражена в решениях последних съездов Географического общества.