Московская область находится в пределах лесной и лесостепной зон. Леса занимают свыше 40 % территории региона. На севере Московской области (на территории Верхневолжской низменности), а также в её западной части (на территории Можайского, Лотошинского и Шаховского районов) наиболее распространены среднетаёжные хвойные леса, преимущественно ельники. Леса Мещёры состоят по преимуществу из таёжных сосновых массивов; в заболоченных низинах встречаются отдельные ольховые леса. Центральная и отчасти восточная части области принадлежат району южнотаёжных хвойно-широколиственных лесов. Здесь основные древесные породы — ель, сосна, берёза, осина. Среди подлеска господствует лещина (лесной орех). Для этой зоны характерны травы как хвойных, так и широколиственных лесов. Южнее располагается подзона широколиственных лесов, основные древесные породы которой — дуб, липа, остролистный клён и вяз. Москворецко-Окская возвышенность является переходной зоной, для неё характерны и крупные массивы ели, как, например, в верховьях реки Лопасни. В долине Оки — сосновые боры степного типа. Крайний юг области (Серебрянопрудский район и частично Серпуховский район) находятся в лесостепной зоне; все участки степи распаханы, они почти не сохранились даже фрагментарно. В пределах лесостепной зоны изредка встречаются липовые и дубовые рощи.
Болота более всего распространены в Шатурском и Луховицком (на востоке) районах. Естественных пойменных лугов почти не осталось. Количество аборигенных видов растений в Подмосковье сокращается, но всё шире распространяются представители иной флоры (к примеру, клён американский); на больших территориях расселились и виды, пришедшие из культуры — борщевик Сосновского, водосбор обыкновенный и др. Некоторые виды растений занесены в Красную книгу России (водяной орех, венерин башмачок и др.)