Участок "ПОДЗАПЛОТНЫЕ БОЛОТА". Участок расположен в Июсской лесостепи между Ширинской озерно-котловинной степью и низкогорьями Кузнецкого Алатау. Рельеф участка неоднороден. Здесь четко выделяется речная долина р. Кизилки, надпойменная терраса, куэстообразные горные кряжи с выходами скал (низкогорные отроги Кузнецкого Алатау) и межгорные долины. Обширная пойма р. Кизилка, примыкающая к пойме р. Белый Июс, практически полностью занята низинными болотами и в меньшей степени пойменными лугами. Среди болот имеется множество мелких озерин. Два более крупных минерализованных озера "Лиственки" расположены в замкнутой межгорной котловине в 150 метрах друг от друга. Растительность представлена преимущественно степными фитоценозами. Широко распространены мелко-дерновинные (злаковые) и каменистые степи. Незначительные участки занимают крупно-дерновинные (ковыльные), луговые и солонцеватые степи. Луговая растительность представлена пойменными и суходольными остепненными лугами. На более возвышенных местах среди болот распространены куртинные заросли ивы с незначительным участием березы. Древесно-кустарниковая растительность произрастает на северных и северо-восточных склонах горных возвышенностей. Древостой большей частью смешаный и представлен березой и лиственницей с небольшой примесью осины. Подлесок хорошо развит и состоит из караганы, спирей, шиповника и кизильника. Кустарниковые заросли встречаются и вне леса - по логам.
Участок "ОЗЕРО БЕЛЁ". Расположен в Ширинской озерно-котловинной степи. Рельеф холмистый с небольшими равнинными участками. Участок охватывает юго-восточную, северную и юго-западную окраины малого плёса оз. Белё, а также юго-воточный залив большого плёса. Растительность целиком принадлежит степному комплексу. Встречаются участки луговых степей. Большой процент площади данного участка составляют залежи. По днищам логов разбросаны заросли черёмухи, боярышника, кизильника, караганы, спиреи.
Участок "ОЗЕРО ШИРА". Участок расположен в Ширинской озерно-котловинной степи Июсо-Ширинского (Северо-Хакасского) степного округа, в юго-восточной части оз. Шира. Площадь - 1397 га. Рельеф участка слабохолмистый, почти равнинный и включает приозерные террасы и заболоченную долину, по которой протекает р. Сон, впадающая в озеро. Озеро Шира - сильно минерализированный водоем, обладающий высокими лечебными качествами. Растительность представлена в основном степными, залежными, луговыми и болотными формациями. По берегам озера и в пойме р. Сон встречаются тростниковые заросли. Здесь же произрастают небольшие куртины ивняка. Небольшую площадь вдоль берега озера занимает березово-лиственничный перелесок паркового типа.
Участок "ОЗЕРО ИТКУЛЬ". На территории этого участка расположено пять небольших слабоминерализованных озер и крупное озеро Иткуль, вода которого считается самой чистой из всех озер Хакасии, и этот водоем обеспечивает питьевой водой курорт озера Шира и поселок Жемчужный. Берега озера Иткуль большей частью пологие, в юго-западной части заболочены, а в северо-западной и южной части - крутые. Территория заповедного участка являет собой редкое сочетание практически всех степных растительных сообществ Хакасии.
Участок "ОГЛАХТЫ". Расположен в Центрально-Хакасском степном округе на берегу Красноярского водохранилища. Большая часть территории занята каменистыми степями. В меньшей степени выражена мелкодерновидная cтепь. Встречаются участки луговой степи, суходольных лугов, растительности скал. По северным склонам гор распространены березовые перелески и заросли степных кустарников.
Участок "КАМЫЗЯКСКАЯ СТЕПЬ". Участок расположен в Уйбатской и Карасукской степях Центрально-Хакасского степного округа. Растительность представлена в основном мелкодерновинными степными ассоциациями, где ведущая роль принадлежит злакам. Травостой разрежённый и невысокий. Из кустарников обычны караганы карликовые. Небольшими вкраплениями отмечаются солончаковые степи. Значительное место занято каменистой степью с различными стадиями развития от опустыненных до луговых. В 5 километрах к югу от участка "Камызякская степь" находится орнитоголический заказник озеро Улух Коль, находящийся в ведении заповедника "Хакасский". Улух-Коль представляет значительный интерес как в природоохранном, так и в научном плане. В настоящее время озеру Улух-Коль придан международный статус особо охраняемых водно-болотных угодий.
Участок "ХОЛ-БОГАЗ". Участок расположен в отрогах Батеневского кряжа. Рельеф резко расчлененный с крутыми склонами южной экспозиции и более пологими северными. Тип растительности степной и представлен крупнодерновинными и луговыми степными ассоциациями. Границы между ассоциациями луговых степей, остепненных лугов и лесов расплывчаты. Древесно-кустарниковая растительность представлена березовыми, лиственничными и смешанными берёзово-лиственничными лесами с хорошо развитым подлеском и травостоем.