Основные работы по организации особо охраняемых природных территорий в Хакасии начали развиваться лишь в 1970-х годах. В это время ботаники заговорили о необходимости заповедования Хакасских степей. Большую работу в этом плане проделали сотрудники Центрально-Сибирского ботанического сада СО АН СССР (г. Новосибирск) под руководством А.В.Куминовой, которые на протяжении более трех десятков лет занимались изучением растительного покрова Хакасии. Они не только обосновали необходимость создания степного заповедника, который должен иметь обще сибирское значение, но и подобрали для него участок - массив г. Саксары. Все это, а также одновременно подготовленное сотрудниками лабораторией экологии лесных животных Института Леса и древесины СО АН СССР зоологическое обоснование о необходимости создания Хакасского степного заповедника позволило в 1975 году включить его в перспективный пятилетний план организации заповедников в РСФСР. В 1990 г. началось проектирование, и в августе 1991 года вышло постановление Совета Министров РСФСР "Об организации государственного природного заповедника "Чазы". Заповедник был организован на 7 участках в четырех административных районах общей площадью 24,1 тыс. га. Позднее, в 1998 году, к заповеднику "чазы" была присоединена дополнительная территория - "Озеро Улух-Коль".
В конце 70-х гг. возникла угроза массовых лесоразработок в бассейне р. Малый Абакан. Существовавший тогда режим орехово-промысловой зоны не гарантировал эту тайгу от наступления лесорубов. Республиканский заказник "Малый Абакан" был учреждён в 1980 г. на площади 100 тыс. га. Таким образом был поставлен заслон перед лесорубами. На части территории заказника был создан государственный природный заповедник "Малый Абакан", утверждённый постановлением Совета Министров Российской Федерации от 08.09.1993 г. N 816 на площади 104,5 тыс. га. В ноябре 1999 года заповедники "Чазы" и "Малый Абакан" были объединены в один государственный природный заповедник "Хакасский". В мае 2001 г. был присоединён участок "Заимка Лыковых". На данный момент, заповедник состоит из 9 кластерных участков общей площадью 274,6 тыс. га.
Территория участка "Подзаплотные болота" и его окрестности насыщены историческими памятниками (5 век до нашей эры - 5 век нашей эры ). Участок "Озеро Иткуль" тоже интересен в историческом плане. Здесь находятся скопления курганов, места стоянок древнего человека, древнейшие оросительные системы, которым более 2,5 тысяч лет. На участке "Оглахты" находится уникальный комплекс историко-культурного наследия - поселение неолитической эпохи ( около 10 тысяч лет тому назад). Имеются наскальные рисунки, возраст которых 3-10 тысяч лет. Найдены памятники средневековой Хакасии (9-11 век нашей эры). Поблизости от участка "Камызякская степь" расположен комплекс древних курганов "Салбыкские" - самых крупных курганов на территории Хакасии. Этот комплекс получил название "Долина вождей". Здесь же находится, раскопанный в 1957 году профессором Киселевым, самый большой курган "Салбыкский", высота которого достигала 18 метров, а диаметр -120 метров. Каменная ограда этого кургана (70 х 70 метров) выложена из плит весом от 20 до 60 тонн, неизвестно каким образом доставленных сюда из каменоломни, находящейся в 30 километрах. И это во 2-3 веке до новой эры ! На самом участке имеются скифские захоронения (7-2 век до нашей эры) и курганы (10-11 век нашей эры), а также древнейшая сеть оросительных систем.