Судебную власть возглавляет Верховный суд, который состоит из главного судьи, назначаемого императором по представлению Кабинета, и 14 судей, назначаемых Кабинетом. В Верховном суде имеются три отделения (по пять судей). Кворум для пленарного заседания суда – 9 членов, для отделений – 3 члена. Верховный суд, как отмечалось осуществляет конституционный контроль, а также является последней инстанцией для рассмотрения других дел. Он окончательно рассматривает во второй инстанции дела о преступлениях против государства, в третьей инстанции — остальные уголовные, а также гражданские дела. Верховный суд осуществляет также определенные полномочия судебного управления в соответствии с традициями судебного централизма. Он обобщает судебную практику, издает руководящие указания для нижестоящих судов, Положения о прокуратуре при судах, издает акты о судебной дисциплине и об управлении судами (акты административного характера). Решения по принципиальным вопросам руководящих указаний и по иным важным вопросам принимаются особой коллегией, состоящей из членов Верховного суда и других высших судов Японии (их 8).
Конституция устанавливает референдарную ответственность членов Верховного суда: каждые 10 лет одновременно с выборами в нижнюю палату парламента избиратели голосуют «за» или «против» конкретных судей (по всему составу суда). При большинстве голосов «против» судья должен уйти в отставку (случаев такого недоверия не было). Для подготовки дел к слушанию при Верховном суде имеется 20 секретарей-исследователей, которые избираются из числа судей, но на время работы секретарями-исследователями приостанавливают судейскую деятельность.
Высшие суды, имеющие в своем составе несколько отделений (до 6) являются судами первой инстанции по делам о государственных преступлениях, а также апелляционной инстанцией по уголовным и гражданским делам, рассмотренным нижестоящими судами. Дела о некоторых важнейших государственных преступлениях (например, о государственной измене) рассматриваются коллегией пяти судей, остальные дела – тремя судьями.
Почти 50 окружных судов, имеющихся в каждой префектуре (губернаторстве), делятся на несколько отделений (в среднем 4 – 5) и рассматривают основную массу уголовных и гражданских дел. Они являются также апелляционной инстанцией для так называемых дисциплинарных (с элементами общественного характера) судов. В большинстве случаев дела в окружных судах рассматриваются единолично судьей, но уголовные дела, по которым грозит наказание с лишением свободы на срок более одного года, а также гражданские дела с высокой ценой иска – коллегией из трех судей.
Низовое звено – дисциплинарные суды. Дела в них рассматривает единолично судья, который не обязательно должен иметь юридическое образование. В этом суде рассматриваются мелкие уголовные дела и гражданские дела с ценой иска не более 900 тыс. иен (приблизительно 11 тыс. долл. США).
Особую систему составляют суды по семейным делам. Они действуют при окружных судах и рассматривают споры о наследстве, мелкие уголовные преступления, совершенные несовершеннолетними, споры, связанные с семейным правом, выполняют посреднические функции, главным образом по семейным делам.
Особых административных судов в Японии, как и в англосаксонских странах, нет (административные судьи в США и административные трибуналы в Великобритании не являются специализированными судами административной юстиции). Контроль за управлением в Японии тоже осуществляют общие суды, но по специальной процедуре и со специальными исками. В их числе так называемый народный иск, когда лицо само не заинтересовано в исправлении незаконных актов администрации и обращается в суд за другого.