Хотя национальная экономика в первую очередь опирается на промышленность, сельское хозяйство занимает в ней важное место, обеспечивая страну большей частью потребляемого продовольствия. В основном из-за ограниченности земельных ресурсов и послевоенной аграрной реформы в деревне доминируют мелкие землевладельцы. Средний размер хозяйства составляет менее 1,1 га. Значение агропроизводства как потенциального места работы резко снизилось после Второй мировой войны.
Под продовольственные культуры отведено более 85% обрабатываемых земель. Рис, составляющий основу пищевого рациона японцев, занимает примерно 55% всех посевных площадей. Культура риса распространена по всей Японии, однако его посевы ограничены на Хоккайдо, где климат недостаточно теплый. Садоводство продолжает укреплять свои и без того традиционно прочные позиции. Важнейшие из собираемых фруктов – цитрусовые – тяготеют к субтропическим районам, расположенным южнее Токио. Яблони, относящиеся к числу основных плодовых культур, выращивают преимущественно в возвышенных районах, а также на севере Хонсю и на Хоккайдо. Тутовник, используемый для разведения шелковичного червя, и чай также приурочены к субтропическим районам. Овощи выращивают в окрестностях крупных городов.
Животноводство не преодолело в полной мере своего отставания, хотя мясная и молочная продукция занимает все более важное место в пищевом рационе населения. Поднялись надои молока с 1,9 млн. до 8,4 млн. Молочный скот разводится в основном на Хоккайдо, а мясной – на Хонсю. Производство животноводческих товаров отстает от спроса, который приходится удовлетворять преимущественно за счет растущего импорта.
Многие крестьянские семьи заняты в лесном хозяйстве, тем более что площадь сельскохозяйственных земель впятеро меньше площади сохранившихся в Японии обширных лесов. Примерно треть из них принадлежит государству. За энергичным сведением естественной древесной растительности во время Второй мировой войны последовали крупные лесовосстановительные работы. Тем не менее, страна вынуждена импортировать около 50% потребляемой древесины (прежде всего из Канады).
Япония – крупная рыболовная держава. В 1995 продукция рыболовства составила 6 млн. т. Высокой эффективностью отмечен промысел в глубоких водах. В прибрежной зоне лов рыбы ведется с небольших баркасов. В акватории северных островов добываются лососевые, треска и сельдь, у побережья южных островов – тунец, скумбрия и сардины.